专利侵权案件中，判决已生效，但专利被无效掉了，被诉侵权方该怎么办

由于被诉侵权方认为自己不侵权，而错误地无视专利侵权诉讼，致使败诉，并过了上诉期限。判决生效后提起无效宣告请求，并成功将该专利无效，现在该专利无效案件也已经过了上诉期，并且对方没有上诉，可是在无效过程中生效判决中判定的赔偿数额已经被执行。我建议申请人申请再审，各位有没有经历过这样的案子？帮我出出主意阿。

宣告无效的专利权视为自始即不存在。
宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前人民法院作出并已执行的专利侵权的判决、裁定，已经履行或者强制执行的专利侵权纠纷处理决定，以及已经履行的专利实施许可合同和专利权转让合同，不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。
如果依照前款规定，专利权人或者专利权转让人不向被许可实施专利人或者专利权受让人返还专利使用费或者专利权转让费，明显违反公平原则，专利权人或者专利权转让人应当向被许可实施专利人或者专利权受让人返还全部或者部分专利使用费或者专利权转让费。

怎么能证明是专利权人恶意呢？是通过再审提出专利权人恶意的证据还是作为一个新的案件提起诉讼？

我认为应该是通过一个新的民事诉讼案件来解决这个问题。但是，要想证明专利权人是恶意获得专利权是比较困难的，一般情况是除非可以证明专利权人例如将已有的专利copy成新的实用新型或外观而再次提交。其他情况想要证明这个恶意确实很难

多谢您，请问：专利权人将现有专利做了一个等同替换，能不能说他是恶意的？

这种情况下应该可以认定为恶意。恶意善意本来属于主观方面的问题，很难证明，而证明也只是通过客观的行为来推断。

看看法47条2款，判决还没执行呢。

感觉比较难操作，如果已经执行，那么你们想再要对方返还比较难。
当初诉讼的时候为什么没有提无效，或者将相关证据交给法官，要求判定不侵权？